Theo quy định cũ, Văn phòng Ban Chỉ đạo điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm bao gồm Chánh Văn phòng, 1 Phó Chánh Văn phòng và một số cán bộ chuyên trách theo dõi các vùng kinh tế trọng điểm thuộc biên chế Viện Chiến lược phát triển - Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Nay tại Quyết định 1747/QĐ-TTg, Văn phòng Ban Chỉ đạo này thuộc biên chế Bộ Kế hoạch và Đầu tư và được đặt tại Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Cũng theo quy định mới, Thủ tướng Chính phủ ủy quyền cho Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Phó Trưởng ban Thường trực ký, ban hành, chịu trách nhiệm báo cáo Trưởng ban các văn bản thuộc thẩm quyền của Ban Chỉ đạo về nhiệm vụ, quy chế hoạt động, tổ chức bộ máy, nhân sự và kinh phí hoạt động của Văn phòng Ban Chỉ đạo này.